Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 65 Tahun 2013 tentang perubahan status Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sunan Ampel Surabaya menjadi Univeritas Islam Negeri (UIN) Sunan Ampel Surabaya meniscayakan perubahan mendasar dalam realitas kelembagan baru. Kelembagaan baru UINSA dikelola dengan tata kelola yang baik atas dasar Peraturan Menteri Agama RI Nomor 8 Tahun 2014 tentang Ortaker UINSA Surabaya. Tata kelola ini penting karena UINSA telah menambah 4 fakultas baru, yaitu; Fakultas Sosial dan Ilmu Politik (FISIP), Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI), Fakultas Sains dan Teknologi (SAINTEK), dan Fakultas Psikologi dan Kesehatan (FPK).

FEBI berdiri pada 28 April 2014 dengan 5 program studi; Ekonomi Syariah, Manajemen, Ilmu Ekonomi, Akuntansi, dan Manajemen Zakat dan Wakaf. Kala itu yang menjadi dekan pertama adalah Prof. Akh. Muzakki, M.Ag., Grad.Dip.SEA, M.Phil., Ph.D. Latar rasional untuk membuka FEBI setidaknya atas menguatnya kesadaran nasional akan pentingnya ekonomi untuk pembangunan nasional, termasuk pemberdayaan masyarakat Indonesia khususnya dan dunia global umumnya. Penerapan sistem ekonomi dan bisnis berlandaskan nilai keislaman merupakan pertimbangan penting lainnya. Bukti dari kecenderungan tersebut adalah maraknya perbankan syariah dan industri keuangan non bank syariah pasca era reformasi di negeri ini.  

Atas pertimbangan di atas, maka UIN Sunan Ampel Surabaya memandang penting untuk membuka Fakultas Ekonomi dan Bisnis dengan 5 program studi kelolaan, yaitu:

1. Ekonomi Syariah
2. Manajemen
3. Ilmu Ekonomi
4. Akuntansi
5. Manajemen Zakat dan Wakaf