Program studi Ilmu Kelautan adalah prodi pertama di tingkat Perguruan Tinggi Agama Islam se-Indonesia yang berada dalam naungan Fakultas Sains dan Teknologi. Program studi ini mengembangkan ilmu di bidang kelautan untuk memahami karakter fenomena dan proses-proses yang terjadi di laut, baik proses fisika, kimia, biologi, dan geologi laut dengan memanfaatkan pengindraan jauh dan akustik kelautan untuk mengeksplorasi sumber daya, lingkungan laut, serta mengidentifikasi pencemaran laut. Program studi ini juga menerapkan ilmu dan teknologi dalam melakukan kajian sifat-sifat dan proses fisika dan kimia laut dan interaksinya dengan organisme di laut, serta pemodelan untuk mensimulasi dinamika pergerakan air laut dan prediksi sebaran limbah maupun material lainnya. Lebih lanjut mahasiswa diharapkan mampu mengembangkan teknik pendugaan dan pemanfaatan potensi wilayah perikanan dan kelautan serta pemberdayaan masyarakat pesisir sebagai pengabdian dari implementasi ilmu dan teknologi yang telah dimiliki kepada masyarakat luas.